正值春运繁忙高峰时期，受新型冠状病毒感染的肺炎疫情影响，保安全、保畅通、控疫情、强服务成为南通交通当前最为重要的工作。为加强新型冠状病毒疫情防控工作，市政府成立新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作领导小组，下设5个工作组，其中交通管控组由市交通运输局、市公安局、市卫生健康委、市铁路办、南通海关、南通机场集团、南通海事局组成，其中市交通运输局为组长单位。
为有效防止疫情通过客运渠道传播和扩散，交通管控组落实习近平总书记和李克强总理关于新型冠状病毒防控的重要指示批示精神，贯彻省、市相关文件要求，全面加强新型冠状病毒疫情交通运输环节管控，督促指导全市对客运汽车、列车、飞机、客船、公交、出租车等公共交通工实行“日消毒”和“每班次通风”，对疫区来苏车辆实施检疫、消毒。指导全市做好车站、机场、码头、收费站、服务区等重点场所通风消毒和人员体温检测工作，落实好疫情防控的各项措施。同时确保春运安全畅通。各成员单位建立24小时值班值守制度，确保疫情防控相关人员在岗在班，关键岗位有人值守。
目前，进入南通的所有高速通道实施24小时查控，由公安、卫健、交通等部门组建应急联合查控组，严查重点疫情地区的入通车辆、人员。南通至汉口直达火车全部停运。南通往返武汉航班停飞。2020年1月28日零时起，暂停进出南通的省、市际班车客运和省际包车客运。