根据2022年2月15日晚《南通市疫情防控2022年第2号通告》精神，南通机场于2月16日零时起启动国内出港旅客48小时内核酸检测阴性证明查验工作。当晚，机场通过新闻媒体、航空公司等渠道发布紧急出行提醒，严堵航空运输环节疫情传播风险，防止疫情溢出。
元宵节后适逢返乡返校返岗第二场高峰期，因疫情政策临时调整，16日凌晨5时起，陆续有旅客因未持有核酸检测阴性报告无法成行。南通机场迅速启动应急措施，在候机楼两处进口处增加临时旅客退改签柜台，安排工作人员协助旅客进行退票和改签。机场主要领导靠前指挥，机关党员突击队支援一线，切实开展现场疏导维序、晚到旅客服务等工作。2月16日，现场柜台协助近350位旅客成功改签，通过问询电话协助100多位未到现场的旅客改签到下一段航程。当日，南通机场累计保障进出港旅客8576人次，较前一日增长64%，出港登机率为87%。2月17日，随着防疫政策的持续深入宣传，旅客基本都持有48小时核酸证明，当日因疫情原因办理退改签旅客骤减至15人左右，出港登机率达99%。
截至2月18日中午12时，除进入机场候机楼需查验48小时内核酸检测阴性证明外，19座目的地城市也需查验核酸证明，分别是：深圳、海口、三亚、北京、拉萨、沈阳、西宁、南宁、哈尔滨、天津、长沙、石家庄、重庆、成都（天府机场）、贵阳、大连、银川、烟台、乌鲁木齐。